アプリケーションのアップデートによって、セキュリティ上の問題点や不具合の解消などが期待されますが、動作が変更されるアップデートもあります。まずはテスト端末用にのみアップデートを適用し、授業等での使用に大きな影響がないかを確認した上で、本番作業を行う作業フローにしましょう。
また、上記に加えて、多くの端末が一斉にアップデートを行うと、ネットワーク負荷が高まる可能性がありますので、予期せずアップデートがかかってしまうことを防ぐため、基本的に自動アップデートをコントロールすることや、ネットワーク負荷を軽減することができる手法（インターネットブレイクアウト、通信データをキャッシュできる仕組みなど）の導入をお勧めします。