OSのアップデートはセキュリティ上大切なことです。しかし、アップデートすることにより以前まで動いたアプリケーションが正しく動かなくなるといった問題も起こりえます。まずはテスト端末用にのみアップデートを適用し、授業等で使用するアプリケーションに影響がないかを調査した上で、本番作業を行う作業フローにしましょう。
また、上記の確認に加えて、一度に多くの端末が一斉にアップデートを行うと、ネットワーク負荷が高まる可能性がありますので、予期せずアップデートがかかってしまうことを防ぐため、基本的に自動アップデートは無効化することや、ネットワーク負荷を軽減することができる手法（インターネットブレイクアウト、通信データをキャッシュできる仕組みなど）の導入をお勧めします。