今年度以降の購入に対してはGIGAスクールの補助金が適用される可能性が低い一方で、現時点での児童生徒数をベースに充電保管庫の仕様が定義されているため、悩ましい問題かと思います。
どうしても大規模に不足する場合は、充電保管庫を使わずに別途充電できる場所を用意するか、職員室などで保管するか、予算措置が可能であれば追加購入するかのいずれかの方法になるのではないかと考えます。
また、超えてしまう台数が数台程度であれば、端末専用の充電器を用いて充電するのがよいと思われます。その際に、メーカーの公式でない充電器を用いないようにしたり、過充電をしてしまわないようにする注意が必要です。