体系的な学びを実現するためには、年次ごとにIDが更新されるような運用は避けるべきかと思います。入学、卒業に関しては学校毎に名簿を作成し、一括登録・削除処理を行うことをお勧めします。進級はユーザーIDに学年が入っていなければ更新処理は不要です。
児童・生徒の転校に関しては、ユーザーIDに学校識別子を含んでいれば新IDの発行が必要になり、移行可能な学習履歴データについては新IDに移行する作業が必要になります。このため学校を識別する文字は「設けないこと」をお薦めします。その意味では、県統一、圏域統一で同一ルールで採番できれば、域内の転校ならば継続的にID利用が可能になります。
教員の異動に関しては、ユーザーIDに学校識別子を入れないように設計すれば更新は不要です。
また、更新体制は学校毎に実施するか、教育センターにて一括で行うか検討が必要になります。決まった時期に大量に発生する処理については、バッチ処理で機械的に対応し、それ以外のイレギュラーで発生するものについては、都度、人的な対応で処理するのが現実的ではないでしょうか。なお、この問題に対応するためにクラウド上で、アカウントを手軽に更新できるソリューションが各社より販売しておりますのでご確認ください。