まずは、追加したいアプリケーションの利用目的を明確にすることが大切です。どの授業でどのような利用を想定しているかであったり、代替できる既存のアプリケーションがあるかどうかを確認する必要があります。
また、実際の端末へのアプリケーション追加を想定すると、ネットワークの帯域をかなり多く消費するため、これを前提としたネットワーク構築が必要です。
学年ごとに分散してインストール指示をMDMから出したり、MDMのタイマー機能を使うなど一定のノウハウが必要になることから、MDMおよび管理コンソールを使えるベンダーを確保すること、さらにそのスキルを持った教育委員会の担当者を育成すること、さらにはできればMDMや管理コンソールのアプリインストールができる部分だけに限定して権限を与えられる現場の教職員を増やしていくこと、の3段階で検討することをお勧めします。